Y.N. Chirgadze
List of publications
  1. Чиргадзе Ю.Н., Грибов Л.А., Андреева Н.С., Шуцкевер Н.Е. (1961) Применение метода инфракрасной спектроскопии к изучению некоторых кристаллических дипептидов, содержащих пролин и глицин. Журнал физ. химии. 35, 754-760.
  2. Андреева Н.С., Дебабов В.А., Миллионова М.И., Шибнев В.А., Чиргадзе Ю.Н. (1961) Синтетический полимер изоморфный коллагену. Биофизика. 6, 244.
  3. Кочкин Д.А., Чиргадзе Ю.Н. (1962) Синтез и ИК-спектры некоторых кислородсодержащих олово-кремний органических соединений. Журнал общей химии. 32, 4007-4012.
  4. Чиргадзе Ю.Н. (1962) Проявление колебаний пептидной группы в инфракрасных спектрах поглощения соединений, содержащих иминокислоты. Биофизика. 7, 382-386.
  5. Чиргадзе Ю.Н. (1962) Анализ колебаний пептидной группы. Биофизика. 7, 523-528.
  6. Чиргадзе Ю.Н. (1962) Колебания Амид I и Амид II в пептидных группах различных конфигураций. Биофизика. 7, 657-661.
  7. Андреева Н.С., Миллионова М.И., Чиргадзе Ю.Н. (1962) Структурные исследования синтетический модели коллагена. In: «Труды V Международного биохимического конгресса. Симпозиум 1». Москва, Изд. АН СССР, 40-46.
  8. Andreeva N.S., Millionova M.I., Chirgadze Yu.N. (1963) Structural investigation of polymers related to collagen. In: «Aspects of protein structure›. London, 137-144.
  9. Опарин А.И., Гельман Н.С., Жукова И.Г., Чиргадзе Ю.Н. (1963) Липиды прерарата дегидрогеназ из цитоплазматических мембран. Докл. АН СССР, 152, 228-230.
  10. Чиргадзе Ю.Н. (1963) Водородная связь в молекулярных кристаллах и ее проявление в инфракрасных спектрах ангидридов аминокислот. В книге: «Оптика и спектроскопия, молекулярная спектроскопия». Изд. АН СССР, Москва – Ленинград, 2, 242-248.
  11. Чиргадзе Ю.Н. (1964) Проявление водородной связи в инфракрасных спектрах пептидных соединений. В книге: «Водородная связь». Изд. Наука, Москва, 310-316.
  12. Чиргадзе Ю.Н. (1965) Удобный метод анализа дихроизма спиральных полипептидов. Биофизика. 10, 201-206.
  13. Чиргадзе Ю.Н. (1965)  Инфракрасные спектры и структура полипептидов и белков. Изд. Наука, Москва, 1-135.
  14. Шибнев В.А., Лисовенко А.В., Рогуленкова В.Н., Миллионова М.И., Есипова Н.Г., Чиргадзе Ю.Н. (1966) Конфигурация цепи политрипептида (глицил-L-оксипролил-L-оксипролина). Биофизика. 11, 1067-1068.
  15. Чиргадзе Ю.Н. (1967) Инфракрасная спектроскопия. В книге: «Физические методы исследования белков и нуклеиновых кислот». Изд. Наука, Москва, 132-148.
  16. Веньяминов С.Ю., Чиргадзе Ю.Н. (1967) Оптическое вращение кварца в инфракрасной области (1,85-4,00 мкм). Оптика и спектроскопия. 23, 813-816.
  17. Есипова Н.Г., Чиргадзе Ю.Н. (1967) О роли воды в структуре фибриллярных белков и полипептидов. В книге: «Состояние и роль воды в биологических объектах». Изд. Наука, Москва, 60-71.
  18. Чиргадзе Ю.Н., Веньяминов С.Ю., Зимонт С.Л. (1967) Исследование состояния воды в структуре белков и полипептидов методом инфракрасной спектроскопии. В книге: «Состояние и роль воды в биологических объектах». Изд. Наука, Москва, 71-75.
  19. Чиргадзе Ю.Н., Лобачев В.М. (1968) Оптические свойства биополимеров в области электронных полос поглощения. Биофизика. 13, 5-19.
  20. Веньяминов С.Ю., Чиргадзе Ю.Н. (1968) Интерпретация дифференциальных кривых инфракрасного дихроизма аксиально ориентированных полипептидов. Биофизика. 13, 220-225.
  21. Веньяминов С.Ю., Чиргадзе Ю.Н. (1968) Количественная обработка разностных спектров для изолированной полосы поглощения. Журнал прикл. спектроскопии. 9, 528-530.
  22. Чиргадзе Ю.Н. (1969) Анализ разностного спектра при альтернативном изменении составляющих основного спектра. Журнал прикл. спектроскопии. 11, 923-925.
  23. Чиргадзе Ю.Н., Рашевская Е.П. (1969) Интенсивность характеристических колебаний пептидной группы в инфракрасном спектре поли-γ-бензил-L-глутамата в спиральной конформации. Биофизика. 14, 608-614.
  24. Чиргадзе Ю.Н. (1969) О возможности исследования малых конформационных изменений в структуре полипептидной цепи с помощью колебательной спектроскопии. Биофизика. 14, 792-795.
  25. Ше М., Чиргадзе Ю.Н., Тихоненко Т.И. (1970) Исследование гидратации свободной и внутрифаговой ДНК методом инфракрасной спектроскопии. Вопросы вирусологии. 5, 619-622.
  26. Веньяминов С.Ю., Чиргадзе Ю.Н. (1970) Обнаружение оптической активности полипептидов в инфракрасной области. Докл. АН СССР. 195, 722-724.
  27. Chirgadze Yu.N., Venyaminov S.Yu., Lobachev V.M. (1971) Optical rotatory dispersion of polypeptides in the near infrared region. Biopolymers. 10, 809-820.
  28. Чиргадзе Ю.Н., Веньяминов С.Ю. (1971) Расширение рабочей спектральной области спектрополяриметра ORD-UV-5 фирмы JASCO до 2,3 мк. Приборы и техника эксперимента. 5, 259-260.
  29. Чиргадзе Ю.Н., Овсепян А.М. (1971) Спектр поглощения миоглобина в далекой инфракрасной области. Докл. АН СССР. 201, 744-746.
  30. Shie M., Kharitonenkov I.G., Tikhonenko T.I., Chirgadze Yu.N. (1972) New possibilities of investigating nucleic acids and nucleoproteins in aqueous solutions by infrared spectroscopy. Nature. 235, 386-388.
  31. Чиргадзе Ю.Н., Ше М., Харитоненков И.Г. (1972) Новые данные о структуре сахаро-фосфатного скелета нуклеиновых кислот в водном растворе. Докл. АН СССР. 203, 959-960.
  32. Чиргадзе Ю.Н., Овсепян А.М. (1972) Роль воды в подвижности пептидных структур. Изучение конформационных переходов полипептидов и олигопептидов при гидратации. Биофизика. 17, 569-574.
  33. Chirgadze Yu.N., Ovsepyan A.M. (1972) Hydration mobility in peptide structures. Biopolymers. 11, 2179-2186.
  34. Чиргадзе Ю.Н., Овсепян А.М. (1972) Конформационные перестройки в глобулярных белках при гидратации. Молекуляр. биол. 6, 721-726.
  35. Чиргадзе Ю.Н. (1972) Метод определения в глобулярных белках областей с разной доступностью для молекул воды по зависимости дейтерообмена от давления паров воды. Докл. АН СССР. 204, 723-726.
  36. Venyaminov S.Yu., Chirgadze Yu.N. (1973) Optical rotatory dispersion of polypeptides and proteins in the near infrared region. Macromolecules. 6, 515-517.
  37. Chirgadze Yu.N., Ovsepyan A.M. (1973) Observation of small conformational changes in the spermwhale myogobin by far infrared spectra. Biopolymers. 12, 637-645.
  38. Чиргадзе Ю.Н. (1973) Инфракрасная спектроскопия полипептидов и белков. В книге: «Физические методы в молекулярной биологии». Итоги науки и техники. Изд. ВИНИТИ. Том 1, 9-60.
  39. Чиргадзе Ю.Н., Невская Н.А. (1973) Резонансные взаимодействия основных амидных колебаний в упорядоченных пептидных структурах. Докл. АН СССР. 208, 447-451.
  40. Chirgadze Yu.N., Brazhnikov E.V. (1973) Intensity of the infrared amide I band of dipeptides in heavy water. Biopolymers. 12, 2185-2188.
  41. Chirgadze Yu.N., Shestopalov B.V., Venyaminov S.Yu. (1973) Intensities and other spectral parameters of infrared Amide bands of polypeptides in the β and random forms. Biopolymers. 12, 1337-1351.
  42. Chirgadze Yu.N., Brazhnikov E.V. (1974) Intensities and other spectral parameters of infrared amide bands in the α-helical structure. Biopolymers. 13, 1701-1712.
  43. Chirgadze Yu.N., Fedorov O.V., Trushina N.P. (1975) Estimation of amino acid residue side chains absorption in the infrared spectra of protein solutions in heavy water. Biopolymers. 14, 679-694.
  44. Чиргадзе Ю.Н., Сафрошкин Ю.В., Бирюков С.В. (1975) Аналоговое устройство для разделения сложных спектральных кривых на отдельные компоненты. Приборы и техника эксперимента. 4, 131-133.
  45. Chirgadze Yu.N., Nevskaya N.A. (1976) Infrared spectra and resonance interaction of Amide I vibration of the antiparallel-chain pleated sheet. Biopolymers. 15, 607-625.
  46. Chirgadze Yu.N., Nevskaya N.A. (1976) Infrared spectra and resonance interaction of Amide I vibration of the parallel-chain pleated sheet. Biopolymers. 15, 627-636.
  47. Nevskaya N.A., Chirgadze Yu.N. (1976) Infrared spectra and resonance interaction of Amide I and II vibrations of the α-helix. Biopolymers. 15, 637-648.
  48. Chirgadze Yu.N., Brazhnikov E.V., Nevskaya N.A. (1976) Intramolecular distortion of the α-helical structure in polypeptides. J. Mol. Biol. 102, 781-792.
  49. Shestopalov B.V., Chirgadze Yu.N. (1976) Quantitative study of secondary structure of histones H1, H2A and H4 in solution by infrared spectroscopy. European J. Biochem. 67, 123-128.
  50. Агапов П.П., Бирюков С.В., Джус А.С., Козлович Л.А., Сафрошкин Ю.В., Чиргадзе Ю.Н. (1977) Прибор СК-2 для разложения сложных спектральных кривых на составляющие. Приборы и техника эксперимента. 3, 270.
  51. Chirgadze Yu.N., Nikonov S.V., Garber M.B., Reshetnikova L.S. (1977) Crystallographic study of γ-crystallins from calf lens. J. Mol. Biol. 110, 619-624.
  52. Chirgadze Yu.N., Garber M.B., Nikonov S.V. (1977) Crystallographic study of plastocyanins. J. Mol. Biol. 113, 443-447.
  53. Brazhnikov E.V., Chirgadze Yu.N. (1978) The use of deuterium exchange to study the distortion of α-helices in proteins. J. Mol. Biol. 122, 127-135.
  54. Brazhnikov E.V., Chetverin A.B., Chirgadze Yu.N. (1978) Secondary structure of Na, K,-dependent adenosinetriphosphatase. FEBS Lett. 93, 125-128.
  55. Chetverin A.B., Brazhnikov E.V., Chirgadze Yu.N. (1979) Isolation and strucyiral properties of membrane-bound Na+, K+-adenosine triphosphatase from pig kidney. Biochemistry (Moscow) [in Russian]. 44, 945-952. // Четверин А.Б., Бражников Е.В., Чиргадзе Ю.Н. (1979) Выделение мембраносвязанной Na+, K+-аденозинтрифосфатазы из почек свиньи и изучение её структурных свойств. Биохимия. 44, 945-952.
  56. Troitsky A.V., Chirgadze Yu.N., Brazhnikov E.V. (1979) Study of conformational rearrangements of bacteriophage T4 lysozyme during its binding to the inhibitor. Biochemistry (Moscow) [in Russian]. 44, 1864-1876. // Троицкий А.В., Чиргадзе Ю.Н., Бражников Е.В. (1979) Исследование конформационных перестроек в лизоциме бактериофага T4 при связывании с ингибитором. Биохимия. 44, 1864-1876.
  57. Чиргадзе Ю.Н., Сергеев Ю.В., Фоменкова Н.П., Никонов С.В., Лунин В.Ю. (1980) Определение структуры γ-кристаллина II из глазной линзы теленка при разрешении 5 Å. Докл. АН СССР. 250, 762-765.
  58. Chirgadze Yu.N., Oreshin V.D., Sergeev Yu.V., Nikonov S.V., Lunin V.Yu. (1980) Structure of γ-crystallin IIIb from calf lens at 5A resolution. FEBS Lett. 118, 296-298.
  59. Chirgadze Yu.N., Sergeev Yu.V., Fomenkova N.P., Oreshin V.D. (1981) Polypeptide chain pathway in γ-crystallin IIIb from calf lens at 3A resolution. FEBS Lett. 131, 81-84.
  60. Чиргадзе Ю.Н., Сергеев Ю.В., Фоменкова Н.П., Орешин В.Д., Никонов С.В. (1981) Структура γ-кристаллина IIIb из глазной линзы теленка при разрешении 3 Å. Докл. АН СССР. 259, 1502-1505.
  61. Никонов С.В., Чиргадзе Ю.Н. (1981) Оптимизация съемки обратного пространства в методе прецессии и ее применение в белковой кристаллографии. Кристаллография. 26, 687-694.
  62. Чиргадзе Ю.Н. (1982) Резонансные взаимодействия амидных колебаний в полипептидных структурах. В книге: «Современные проблемы физики твердого тела и биофизики», Изд. Наукова думка, Киев, 246-261.
  63. Reshetnikova L.S., Garber M.B., Fomenkova N.P., Nikonov S.V., Chirgadze Yu.N.  (1982) Crystallographic study of large tryptic fragments of elongation factor G from Escherichia coli. J. Mol. Biol. 160, 127-132.
  64. Dolgikh D.A., Abaturov L.V., Brazhnikov E.V., Lebedev Yu.O., Chirgadze Yu.N., Ptitsyn O.B., (1983) Acid form of bovine carbonic anhydrase B: «molten globule» with secondary structure. Dokl. AN USSR [in Russian]. 272, 1481-1484. // Долгих Д.А., Абатуров Л.В., Бражников Е.В., Лебедев Ю.О., Чиргадзе Ю.Н., Птицын О.Б. (1983) Кислая форма карбоангидразы: «расплавленная глобула» с вторичной структурой. Докл. АН СССР. 272, 1481-1484.
  65. Chirgadze Yu.N., Nikonov S.V., Brazhnikov E.V. (1983) Crystallographic study of elongation factor G from Thermus thermophilus HB8. J. Mol. Biol. 168, 449-450.
  66. Чиргадзе Ю.Н., Щеголева Е.Ю. (1984) Гидратация полипептидной цепи рубредоксина по данным пространственной структуры. Молекуляр. биол. 18, 994-1000.
  67. Lunin V.Yu., Urzhumtsev A.G., Vernoslova E.A., Chirgadze Yu.N., Nevskaya N.A., Fomenkova N.P. (1985) Phase improvement in protein crystallography using a mixed electron density model. Acta Cryst. A41, 166-171.
  68. Nikonov S.V., Chirgadze Yu.N. (1985) Optimal strategy of surveying reciprocal space in protein crystallography. Acta Cryst., A41, 195-203.
  69. Чиргадзе Ю.Н. (1985) Вывод пространственных мотивов антипараллельной β-структуры в глобулярных белках. Докл. АН СССР. 283, 1500-1503.
  70. Brazhnikov E.V., Chirgadze Yu.N., Dolgikh D.A., Ptitsyn O.B. (1985) Noncoopeative temperature melting of a globular protein without specific tertiary structure: acid form of bovine carbonic anhydrase B. Biopolymers. 24, 1899-1907.
  71. Невская Н.А., Курочкина Н.А., Чиргадзе Ю.Н. (1986) Построение пространственной модели белка по картам электронной плотности с использованием машинной графики. Кристаллография. 31, 303-311.
  72. Chirgadze Yu.N., Nevskaya N.A., Fomenkova N.P., Nikonov S.V., Sergeev Yu.V., Brazhnikov E.V., Garber M.B., Lunin V.Yu., Urzhumzev A.G., Vernoslova E.A. (1986) Structure of gamma-crystallin IIIb from calf lens at 2.5 Å resolution. Dokl. AN USSR [in Russian]. 320, 488-491. // Чиргадзе Ю.Н., Невская Н.А., Фоменкова Н.П., Никонов С.В., Сергеев Ю.В., Бражников Е.В., Гарбер М.Б., Лунин В.Ю., Уржумцев А.Г., Вернослова Е.А. (1986) Пространственная структура гамма-кристаллина IIIв из хрусталика глаза телёнка при разрешении 2,5 Å. Докл. АН СССР. 290, 490-495.
  73. Чиргадзе Ю.Н., Невская Н.А., Сергеев Ю.В., Фоменкова Н.П. (1987) Эволюционный консерватизм молекулярной структуры γ-кристаллинов позвоночных. Молекуляр. биол. 21, 368-376.
  74. Сергеев Ю.В., Чиргадзе Ю.Н., Дриссен Х., Слингсби К., Бланделл Т.Л. (1987) Ключевая роль 103 остатка в поверхностных взаимодействиях γ-кристаллинов. Молекуляр. биол. 21, 377-381.
  75. Chirgadze Yu.N. (1987) Deduction and systematic classification of spatial motifs of the antiparallel β-structure in globular proteins. Acta Cryst. A43, 405-417.
  76. Sergeev Y.V., Chirgadze Y.N., Mylvaganam S.E., Driessen H., Slingsby C., Blundell T.L. (1988) Surface interactions of γ-crystallins in the crystal medium in relation to their association in the eye lens. Proteins, 4, 137-147.
  77. Chirgadze Yu., Kurochkina N., Nikonov S. (1989) Molecular cartography of proteins: surface relief analysis of the calf eye lens protein gamma-crystallin. Protein Eng. 3, 105-110.
  78. Никонов С.В., Чиргадзе Ю.Н. (1989) Обнаружение плоских зарядовых кластеров на поверхности гамма-кристаллина. Докл. АН СССР, 307, 1494-1497.
  79. Chirgadze Yu., Nevskaya N., Vernoslova E., Nikonov S., Sergeev Yu., Brazhnikov E., Fomenkova N., Lunin V., Urzhumtsev A. (1991) Crystal structure of calf eye lens gamma-crystallin IIIb at 2.5 Å resolution: its relation to function. Exp. Eye Res. 53, 295-304.
  80. Chirgadze Yu.N., Brazhnikov E.V., Nikonov S.V., Fomenkova N.P., Garber M.B., Urzhumtsev A.G., Lunin V.Yu., Chirgadze N.Yu., Nekrasov Yu.V. (1991) Structure of ribosomal elongation factor from Thermus thermophilus at low resolution. Dokl. AN USSR [in Russian]. 320, 488-491. // Чиргадзе Ю.Н., Бражников Е.В., Никонов С.В., Фоменкова Н.П., Гарбер М.Б., Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю., Чиргадзе Н.Ю., Некрасов Ю.В. (1991) Кристаллическая структура рибосомного фактора G из бактерий Thermus Thermophilus при низком разрешении. Докл. АН СССР. 320, 488-491.
  81. Чиргадзе Ю.Н. (1992) Плоские зарядовые кластеры – структурные инварианты семейства гамма-кристаллинов хрусталика глаза: функциональная роль и эволюционный консерватизм. Молекуляр. биол. 26, 1426-1433.
  82. Aevarsson A., Brazhnikov E., Garber M., Zheltonosova J., Chirgadze Yu., Al-Karadaghi S., Svensson L.A., Liljas A. (1994) Three-dimensional structure of the ribosomal translocase: elongation factor G from Thermus thermophilus. EMBO J. 13, 3669-3677.
  83. Чиргадзе Ю.Н. (1996) Связь зарядовых кластеров гамма-кристаллина с внутренней структурой белка. Молекуляр. биол. 30, 343-347.
  84. Chirgadze Yu., Driessen H., Wright G., Slingsby C., Hay R., Lindley P. (1996) Structure of the bovine eye lens gamma D (gamma IIIb)-crystallin at 1.95 A. Acta Cryst., D52, 712-721.
  85. Chirgadze Yu.N., Tabolina O.Yu. (1996) Alternating charge clusters of side-chains: new surface structural invariants observed in calf eye lens gamma-crystallins. Protein Eng. 9, 745-754.
  86. Чиргадзе Ю.Н. (1996) Трехмерная структура и функции рибосомных факторов элонгации: новые данные и новые вопросы. Молекуляр. биол. 30, 773-780.
  87. Ларионова Е.А., Чиргадзе Ю.Н. (1998) Анализ распределения знакопеременных зарядовых кластеров на поверхности глобулярных белков. Молекуляр. биол. 32, 1020-1024.
  88. Chirgadze Yu.N., Larionova E.A. (1999) Spatial sign-alternating charge clusters in globular proteins. Protein Eng. 12, 101-105.
  89. Чиргадзе Ю.Н., Ларионова Е.А. (2001) Формирование узнающего модуля факторов транскрипции: репрессор фага λ и фактор иммуноглобулина мыши. Молекуляр. биол. 35, 836-843.
  90. Brazhnikov E.V., Chirgadze Yu.N. (2001) Functionally important sites in elongation factor EF-Tu from Thermus aquaticus: Analysis of fine structural changes of Ef-Tu in complexes with guanosine 3'-diphosphate. Biofizika. [in Russian] 46, 1027-1037. // Бражников Е.В., Чиргадзе Ю.Н. (2001) Функционально важные места в факторе элонгации EF-Tu из Thermus aquaticus: анализ тонких структурных изменений при связывании с ГТФ и ГДФ. Биофизика. 46, 1027-1037.
  91. Чиргадзе Ю.Н., Ларионова Е.А. (2003) Определяющая роль кластеров полярных остатков в структурах белковых факторов при узнавании большой бороздки двухспиральной В-ДНК. Молекуляр. биол. 37, 266-276.
  92. Чиргадзе Ю.Н., Ларионова Е.А. (2005) Принципиальная роль больших кластеров полярных остатков РНК-связывающих белков при образовании комплексов с РНК. Молекуляр. биол. 39, 1-16.
  93. Чиргадзе Ю.Н. (2008) Структурное поведение РНК-связывающих белков в свободном состоянии и в составе комплекса с РНК: рибосомный белок L25 и 5S рРНК из E. coli. Молекуляр. биол. 42, 685-692.
  94. Chirgadze Yu.N., Ivanov V.V., Polozov R.V., Sivozhelezov V.S., Stepanenko V.A., Zrelov P.V. (2008) Recognition of promoter binding regions in the double-chained DNA by transcription factors with the use of molecular cartography, distributed computing and grid-technologies in science and education. Proceedings of the International conference. Communication of Joint Institute of Nuclear Research, Dubna, Russia, June 30-July 4, 233-236.
  95. Chirgadze Yu.N., Ivanov V.V., Polozov R.V., Sivozhelezov V.S., Zheltukhin E.I. (2008) Structural and electrostatic regularities in interactions of homeodomains with operator DNA. Communication of Joint Institute of Nuclear Research, E19-2008-174, 1-20.
  96. Chirgadze Yu.N., Zheltukhin E.I., Polozov R.V., Sivozhelezov V.S., Ivanov V.V. (2009) Binding regularities in complexes of transcription factors with operator DNA: homeodomain family. J. Biomol. Struct. Dyn. 26, 687-700.
  97. Chirgadze Yu.N., Larionova E.A., Ivanov V.V.  (2009) Novel recognition sign of DNA-binding alpha-helix in complexes of transcription factors from different families with operator DNA. J. Biomol. Struct. Dyn. 27, 83-96.
  98. Ivanov V.V., Stepanenko V.A., Zrelov P.V., Zheltukhin E.I., Chirgadze Y.N., Sivozhelezov V.S., Polozov R.V. (2009) Toward protein-DNA stereochemical recognition codes: identification and classification of homeodomain-DNA complexes based on their interfaces. Mathematical modeling and computational physics. Procedings of International conference. Joint Institute for Nuclear Research, Dubna, Russia, July 7-11, 152-155.
  99. Afanasiev O.A., Ivanov V.V., Stepanenko V.A., Zrelov P.V., Chirgadze Y.N., Polozov R.V. (2009) Software complex for computing maps of molecular surface of helical proteins and nucleic acids. Mathematical modeling and computational physics. Procedings of International conference. Joint Institute for Nuclear Research, Dubna, Russia, July 7-11, 171-175.
  100. Afanasiev O.A., Ivanov V.V., Stepanenko V.A., Zrelov P.V., Chirgadze Y.N., Polozov R.V. (2009) On massive calculations of maps of molecular surface of helical proteins and nucleic acids. Mathematical modeling and computational physics. Procedings of International conference. Joint Institute for Nuclear Research, Dubna, Russia, July 7-11, 177-179.
  101. Афанасьев О.А., Зрелов П.В., Иванов В.В., Полозов Р.В., Сивожелезов В.С., Степаненко В.А., Чиргадзе Ю.Н. (2011) Комплекс программ для картографирования и исследования белков и нуклеиновых кислот. Сообщения ОИЯИ (Объединенный институт ядерных исследований), Дубна, P10-2011-108.
  102. Грохлина Т.И., Афанасьев О.А., Иванов В.В., Полозов Р.В., Чиргадзе Ю.Н., Сивожелезов В.С. (2011) ANTPC: база данных аминокислотно-нуклеотидных контактов в комплексах белок-ДНК. Сообщения ОИЯИ (Объединенный институт ядерных исследований), Дубна, P10-2011-109.
  103. Clarke T.E., Romanov V., Chirgadze Y.N., Klomsiri C., Kisselman G., Wu-Brown J., Poole L.B., Pai E.F., Chirgadze N.Y. (2011) Crystal structure of alkyl hydroperoxidase D like protein PA0269 from Pseudomonas aeruginosa: homology of the AhpD-like structural family. BioMed Cent. Struct. Biol. 11:27.
  104. Chirgadze Yu.N., Sivozhelezov V.S., Polozov R.V., Stepanenko V.A., Ivanov V.V. (2012) Recognition Rules for Binding of Homeodomains to Operator DNA. J. Biomol. Struct. Dyn. 29, 715-731.
  105. Gordon R.D., Qiu W., Romanov V., Lam K., Soloveychik M., Benetteraj D., Battaile K., Chirgadze Yu.N., Pai E. , Chirgadze N.Y. (2013) Crystal structure of the CN-hydrolase SA0302 from the pathogenic bacterium Staphylococcus aureus belonging to the Nit and NitFhit Branch of the nitrilase superfamily. J. Biomol. Struct. Dyn. 31, 1057-1065.
  106. Бедняков И.В., Зрелов П.В., Иванов В.В., Полозов Р.В., Сивожелезов В.С., Степаненко В.А., Чиргадзе Ю.Н. (2013) Картографирование структур белков и нуклеиновых кислот. Письма «Элементарные частицы и ядра», изд. ОИЯИ (Объединённый институт ядерных исследований), Дубна, 15 (182), 744-754.
  107. Грохлина Т.И., Зрелов П.В., Иванов В.В., Полозов Р.В., Чиргадзе Ю.Н., Сивожелезов В.С. (2013) База данных аминокислотно-нуклеотидных контактов в комплексах ДНК с белками семейства гомеодоменов. Письма «Элементарные частицы и ядра», изд. ОИЯИ (Объединённый институт ядерных исследований), Дубна, 15 (182), 755-762.
  108. Polozov R.V., Sivozhelezov V.S., Chirgadze Yu.N., Ivanov V.V. (2015) Recognition rules for binding of Zn-Cys2His2 transcription factors to operator DNA. J. Biomol. Struct. Dyn. 33, 253-266.
  109. Chirgadze Y.N., Clarke T.E., Romanov V., Kisselman G., Wu-Brown J., Soloveychik M., Chan T.S.Y., Gordon R.D., Battaile K.P., Pai E.F., Chirgadze N.Y. (2015) The structure of SAV1646 from Staphylococcus aureus belonging to a new ‘ribosome-associated’ subfamily of bacterial proteins. Acta Cryst. 71, 332–337.
  110. Chirgadze Y.N., Polozov R.V. (2017) Recognition of transcription factors in complex with operator DNA at atomic resolution. Med. Research Archives. 5, 1-19.
  111. Акишина Т.П., Грохлина Т.И., Зрелов П.В., Иванов В.В., Полозов Р.В., Сивожелезов В.С., Степаненко В.А., Чиргадзе Ю.Н., Яковлев А.В. (2017) Массовые вычисления электростатических потенциалов и карт молекулярных поверхностей белков и нуклеиновых кислот в распределённой компьютерной среде: организация и алгоритмы. Математическая биология и биоинформатика. 12, 354-374. doi: 10.17537/2017.12.354
  112. Kargatov A.M., Boshkova E.A., Chirgadze Y.N. (2018) Novel approach for structural identification of protein family: glyoxalase I. J. Biomol. Struct. Dyn. 36, № 10, 2699-2712. doi: 10.1080/07391102.2017.1367330
  113. Chirgadze Y.N., Boshkova E.A., Battaile K.P., Mendes V.G., Lam R., Chan T.S.Y., Romanov V., Pai E.F., Chirgadze N.Y. (2018) Crystal structure of Staphylococcus aureus Zn-glyoxalase I: new subfamily of glyoxalase I family. J. Biomol. Struct. Dyn. 36, 376-386. doi: 10.1080/07391102.2016.1278038
  114. Chirgadze Y.N., Boshkova E.A., Polozov R.V., Sivozhelezov V.S., Dzyabchenko A.V., Kuzminsky M.B., Stepanenko V.A., Ivanov V.V. (2018) The electrostatic role of the Zn-Cys2His2 complex in binding of operator DNA with transcription factors: mouse EGR-1 from the Cys2His2 family. J. Biomol. Struct. Dyn. 36, 3902-3915. doi: 10.1080/07391102.2017.1404937
  115. Chirgadze Y.N., Boshkova E.A., Yakovlev A.V., Ivanov V.V. (2019) Side projections of double-helical DNA: example of binding patterns of DNA in the complex with factor TFIIIA. J. Biomol. Struct. Dyn. 37, 4433-4436. doi: 10.1080/07391102.2018.1555774
  116. Chirgadze Y.N., Ivanov V.V. (2019) Binding of Cys2His2 transcription factors with operator DNA: functional role of linkers between Zn-fingers. J. Biomol. Struct. Dyn. 38, 1-7. doi: 10.1080/07391102.2019.1659857
  117. Chirgadze Y.N., Ivanov V.V. (2020) Zn-CysHis protein factor families: role of electrostatic interaction of Zn-domains in factor functions. Mol. Biol. (Moscow) 54. // Чиргадзе Ю.Н., Иванов В.В. (2020) Семейства Cys2His2 белковых факторов: роль электростатического потенциала Zn-доменов при функционировании. Молекуляр. биол. 54, 179-186. doi: 10.31857/S0026898420020032
  118. Chirgadze Y.N., Battaile K.P., Likhachev I.V., Balabaev N.K., Gordon R.D., Romanov V., Lin A., Karisch R., Lam R., Ruzanov M., Brazhnikov E.V., Pai E.F., Neel B.G., Chirgadze N.Y. (2022) Signal transfer in human protein tyrosine phosphatase PTP1B from allosteric inhibitor P00058. J. Biomol. Struct. Dyn. 40, 13823-13832. doi: 10.1080/07391102.2021.1994879
  119. Chirgadze Y.N., Boshkova E.A., Kargatov A.M., Chirgadze N.Y. (2023) Functional identification of ‘hypothetical protein’ structures with unknown function. J. Biomol. Struct. Dyn. 41, № 11, 5362-5366. doi: 10.1080/07391102.2022.2085806
  120. Chirgadze Y.N., Likhachev I.V., Balabaev N.K., Brazhnikov E.V. (2023) Molecular dynamics of α-helical structure: poly-L-glutamic acid. J. Biomol. Struct. Dyn. doi: 10.1080/07391102.2023.2183039
  121. Chirgadze Y.N., Likhachev I.V., Balabaev N.K., Brazhnikov E.V. (2023) Molecular dynamics of α-helical structure: poly-L-glutamic acid in water solution. Biophys. Rev. 15, 1425–1861 doi: 10.1007/s12551-023-01150-w
  122. Chirgadze Y.N., Likhachev I.V., Balabaev N.K., Brazhnikov E.V. (2024) Molecular dynamics of α-helix inside a protein with single helix. J. Biomol. Struct. Dyn. doi: 10.1080/07391102.2024.2308755
 
To return to the previous page  To the beginning of page
 
© PSMG IPR RAS 2006-2018
english

русский