A.V. Efimov
List of publications
  1. Lim V.I., Efimov A.V. (1976) The folding of protein chains. Prediction of tobacco mosaic virus protein tertiary structure. FEBS Lett. 69, 41-44.
  2. Lim V.I., Efimov A.V. (1977) The folding pathway for globins. FEBS Lett. 78, 279-283.
  3. Efimov A.V. (1977) Stereochemistry of packings of α-helices and β-structure in a compact globule. Dokl. AN USSR [in Russian]. 235, 699-702. // Ефимов A.B. (1977) Стереохимия упаковок α-спиралей и β-структуры в компактной глобуле. Докл. АН СССР. 235, 699-702.
  4. Lim V.I., Mazanov A.L., Efimov A.V. (1978) Stereochemical theory of the three-dimensional structure of globular proteins. I. Highly-helical intermediate structures. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 12, 206-213. // Лим В.И., Мазанов А.Л., Ефимов A.B. (1978) Стереохимическая теория пространственной структуры глобулярных белков. I. Высокоспиральные промежуточные структуры. Молекуляр. биол. 12, 206-213.
  5. Lim V.I., Mazanov A.L., Efimov A.V. (1978) Structure of ribosomal proteins. Prediction of the tertiary structure of proteins of the Escherichia coli ribosomal 30S subparticle. Dokl. AN USSR [in Russian]. 242, 1219-1222. // Лим В.И., Мазанов А.Л., Ефимов A.B. Структура рибосомных белков. Предсказание третичной структуры 30S-субчастицы рибосомы из Escherichia coli. Докл. АН СССР. 242, 1219-1222.
  6. Efimov A.V. (1978) Layer-structure of globin hydrophobic cores. Prediction of rotamers of hydrophobic side chains. Dokl. AN USSR [in Russian]. 243, 512-515. // Ефимов А.В. (1978) Слоевая структура гидрофобных ядер глобинов. Предсказание поворотных изомеров гидрофобных боковых цепей. Докл. АН СССР. 243, 512-515.
  7. Efimov A.V. (1979) Packing of α-helices in globular proteins. Layer-structure of globin hydrophobic cores. J. Mol. Biol. 134, 23-40.
  8. Efimov A.V. (1982) Role of connections in the formation of protein structures, containing 4-helical segments. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 16, 271-281. // Ефимов А.В. (1982) О роли перетяжек в образовании белковых структур, содержащих четыре спиральных участка. Молекуляр. биол. 16, 271-281.
  9. Efimov A.V. (1982) Super-secondary structure of beta-proteins. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 16, 799-806. // Ефимов А.В. (1982) Супервторичная структура β-белков. Молекуляр. биол. 16, 799-806.
  10. Efimov A.V. (1984) A novel super-secondary structure of proteins and the relation between the structure and the amino acid sequence. FEBS Lett. 166, 33-38.
  11. Efimov A.V. (1984) A new super-secondary protein structure: the alpha alpha-angle. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 18, 1524-1537. // Ефимов А.В. (1984) Новая супервторичная структура белков: αα-уголок. Молекуляр. биол. 18, 1524-1537.
  12. Efimov A.V. (1986) Standard conformations of a polypeptide chain in irregular protein regions. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 20, 250-260. // Ефимов А.В. (1986) Стандартные конформации полипептидной цепи в нерегулярных участках белков. 20, 250-260.
  13. Efimov A.V. (1986) Standard structures in protein molecules. I. Alpha-beta hairpins. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 20, 329-339. // Ефимов А.В. (1986) Стандартные структуры в белковых молекулах. I. α-β-Шпильки. Молекуляр. биол. 20, 329-339.
  14. Efimov A.V. (1986) Standard structures in protein molecules. II. Beta-alpha hairpins. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 20, 340-345. // Ефимов А.В. (1986) Стандартные структуры в белковых молекулах. II. β-α-Шпильки. Молекуляр. биол. 20, 340-345.
  15. Efimov A.V. (1987) Protein stability to the effect of denaturing agents and elevated temperature is directly proportional to the fraction of hydrophobic residues in its molecule. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 21, 62-72. // Ефимов А.В. (1987) Устойчивость белков к действию денатурирующих агентов и повышенной температуры прямо пропорциональна доле гидрофобных остатков в их молекулах. Молекуляр. биол. 21, 62-72.
  16. Efimov A.V. (1987) Pseudo-homology of protein standard structures formed by two consecutive β-strands. FEBS Lett. 224, 372-376. // Ефимов А.В. (1987) Псевдогомология стандартных структур, образованных двумя соседними по цепи β-тяжами. В сборнике «Структура и биосинтез белков», Пущино, 62-70.
  17. Mesyanzhinov V.V., Peletskaya E.N., Zhdanov V.M., Efimov A.V., Finkelstein A.V., Ivanovsky D.I. (1987) Prediction of secondary structure, spatial organization and distribution of antigenic determinants for hepatitis A virus proteins. J. Biomol. Struct. Dyn. 5, 447-458.
  18. Altshtein A.D., Efimov A.V. (1988) Physico-chemical basis of the genetic code origin: stereochemical analysis of interactions of amino acids and nucleotides based on the progene hypothesis. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 22, 1411-1429. // Альтштейн А.Д., Ефимов А.В. (1988) Физико-химическая основа происхождения генетического кода: стереохимический анализ взаимодействия аминокислот и нуклеотидов на основе гипотезы прогенов. Молекуляр. биол. 22, 1411-1429.
  19. Efimov A.V. (1990) Long irregular regions in proteins as combinations of small standard structures. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 24, 851-858. // Ефимов А.В. (1990) Длинные нерегулярные участки в белках как комбинации небольших стандартных структур. Молекуляр. биол. 24, 851-858.
  20. Fedorov O.V., Efimov A.V. (1990) Flagellin as an object for supramolecular engineering. Protein Eng. 3, 411-413.
  21. Efimov A.V. (1991) Long and mediumsize irregular regions in proteins as combinations of small standard structures. In: «Molecular Conformation and Biological Interactions» (P. Balaram & S. Ramaseshan, eds.). Indian Academy of Sciences, 19-29.
  22. Efimov A.V. (1991) Structure of α-α-hairpins with short connections. Protein Eng. 4, 245-250.
  23. Efimov A.V. (1991) Structure of coiled β-β-hairpins and β-β-corners. FEBS Lett. 284, 288-292.
  24. Gedrovich A., Shishkov A., Goldanskii V., Baratova L., Grebenshchikov N., Efimov A. (1991) Modelling protein three-dimensional structure using tritium planigraphy. Eur. Biophys. J. 19, 283-286.
  25. Efimov A.V. (1992) A novel super-secondary structure of β-proteins: A triple-strand corner. FEBS Lett. 298, 261-265.
  26. Efimov A.V. (1992) L-shaped structure from two alpha-helices with a proline residue between them. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 26, 1370-1376. // Ефимов А.В. (1992) L-образная структура из двух α-спиралей с остатком пролина между ними. Молекуляр. биол. 26, 1370-1376.
  27. Baratova L.A., Grebenshchikov N.I., Dobrov E.N., Gedrovich A.V., Kashirin I.A., Shishkov A.V., Efimov A.V., Järvekülg L., Radavsky Yu.L., Saarma M. (1992) The organization of potato virus X coat proteins in virus particles studied by tritium planigraphy and model building. Virology. 188, 175-180.
  28. Efimov A.V. (1993) Patterns of loop regions in proteins. Curr. Opin. Struct. Biol. 3, 379-384.
  29. Efimov A.V. (1993) Standard structures in proteins. Prog. Biophys. Molec. Biol. 60, 201-239.
  30. Efimov A.V. (1993) Super-secondary structures involving triple-strand β-sheets. FEBS Lett. 334, 253-256.
  31. Efimov A.V. (1994) Super-secondary structures in proteins. In: «Protein Structure by Distance Analysis» (H. Bohr & S. Brunak, eds.). IOS Press and Ohmsha, Amsterdam-Oxford-Washington DC, Tokyo-Osaka-Kyoto, 187-200.
  32. Efimov A.V. (1994) Common structural motifs in small proteins and domains. FEBS Lett. 355, 213-219.
  33. Efimov A.V. (1994) Favoured structural motifs in globular proteins. Structure. 2, 999-1002.
  34. Efimov A.V. (1995) Structural similarity between two-layer α/β- and β-proteins. J. Mol. Biol. 245, 402-415.
  35. Efimov A.V. (1996) A structural tree for α-helical proteins containing α-α-corners and its application to protein classification. FEBS Lett. 391, 167-170.
  36. Efimov A.V. (1997) Structural trees for protein superfamilies. Proteins. 28, 241-261.
  37. Efimov A.V. (1997) New structural motifs in alpha-helical proteins. Russian Journal of Bioorganic Chemistry [in Russian]. 23, 243-250. // Ефимов А.В. (1997) Новые структурные мотивы в α-спиральных белках. Биоорг. хим. 23, 243-250.
  38. Efimov A.V. (1997) A structural tree for proteins containing 3β-corners. FEBS Lett. 407, 37-41.
  39. Efimov A.V. (1998) Architecture of compact three alpha-helical structures. Russian Journal of Bioorganic Chemistry [in Russian]. 24, 517-522. // Ефимов А.В. (1998) Архитектура компактных структур из трёх α-спиралей. Биоорг. хим. 24, 517-522.
  40. Efimov A.V. (1998) A structural tree for proteins containing S-like β-sheets. FEBS Lett. 437, 246-250.
  41. Efimov A.V. (1999) Complementary packing of α-helices in proteins. FEBS Lett. 463, 3-6.
  42. Brazhnikov E.V., Efimov A.V. (2001) Structure of α-α-hairpins with short connections in globular proteins. Mol. Biol. (Moscow). 35, 89-97. // Бражников Е.В., Ефимов А.В. (2001) Структура α-спиральных шпилек с короткими перетяжками в глобулярных белках. Молекуляр. биол. 35, 100-108.
  43. Baratova L.A., Efimov A.V., Dobrov E.N., Fedorova N.V., Hunt R., Badun G.A., Ksenofontov A.L., Torrance L., Jarvekulg L. (2001) In situ spatial organization of potato virus A coat protein subunits as assessed by tritium bombardment. J. Virology. 75, 9696-9702.
  44. Kondratova M.S., Efimov A.V. (2002) Systematic analysis of buried polar side chains and their interactions in α-helical proteins. Mol. Biol. (Moscow). 36, 117-123. // Кондратова М.С., Ефимов А.В. (2002) Систематический анализ спрятанных полярных боковых цепей и их взаимодействий в α-спиральных белках. Молекуляр. биол. 36, 144-151.
  45. Efimov A.V. (2003) Packing of amphipathic α-helices in proteins. In «Protein Structures: Kaleidoscope of Structural Propeties and Functions» (V.N. Uversky, ed.). Research Signpost, India, 17-32.
  46. Efimov A.V., Brazhnikov E.V. (2003) Relationship between intramolecular hydrogen bonding and solvent accessibility of side-chain donors and acceptors in proteins. FEBS Lett. 554, 389-393.
  47. Efimov A.V., Kondratova M.S. (2003) A comparative analysis of interhelical polar interactions of various α-helix packings in proteins. Mol. Biol. (Moscow). 37, 440-445. // Ефимов А.В., Кондратова М.С. (2003) Сравнительный анализ межспиральных полярных взаимодействий в различных упаковках α-спиралей в белках. Молекуляр. биол. 37, 515-521.
  48. Efimov A.V. (2004) Structural trees of globular proteins. Usp. Biol. Chem. [in Russian]. 44, 109-132. // Ефимов А.В. (2004) Структурные деревья глобулярных белков. Усп. биол. хим. 44, 109-132.
  49. Dobrov E.N., Efimov A.V., Baratova L.A. (2004) Investigation of helical plant virus ribonucleoprotein structures with the help of tritium planigraphy and theoretical modeling. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 38, 945-958. // Добров Е.Н., Ефимов А.В., Баратова Л.А. (2004) Исследование структуры рибонуклеопротеидов спиральных вирусов растений методами тритиевой планиграфии и теоретического моделирования. Молекуляр. биол. 38, 945-958.
  50. Klyachko N.L., Shchedrina V.A., Efimov A.V., Kazakov S.V., Gazaryan I.G., Kristal B.S., Brown A.M. (2005) pH-Dependent substrate preference of pig heart lipoamide dehydrogenase varies with oligomeric state: response to mitochondrial matrix acidification. J. Biol. Chem. 280, 16106-16114.
  51. Brazhnikov E.V., Efimov A.V. (2005) Analysis of interactions of buried polar side chains in β-proteins. Mol. Biol. (Moscow). 39, 769-776. // Бражников Е.В., Ефимов А.В. (2005) Анализ взаимодействий спрятанных полярных боковых цепей в β-белках. Молекуляр. биол., 39, 878-886.
  52. Kolosov P., Frolova L, Seit-Nebi A. Dubovaya V. Kononenko A. Oparina N., Justesen J., Efimov A., Kisselev L. (2005) Invariant amino acids essential for decoding function of polypeptide release factor eRF1. NAR. 33, 6418-6425.
  53. Brazhnikov E.V., Efimov A.V. (2007) Role of the structural context in selection of hydrophobic side-chain rotamers in a- and d-positions of α-helices. Mol. Biol. (Moscow). 41, 485-496. // Бражников Е.В., Ефимов А.В. (2007) Роль структурного контекста в отборе конформации гидрофобных боковых цепей, расположенных в a- и d-позициях α-спиралей. Молекуляр. биол. 41, 544-555.
  54. Efimov A.V. (2007) A mechanism of selection of side-chain rotamers in α-helices. Biochemistry (Moscow). 72, 188-191. // Ефимов А.В. (2007) Механизм отбора поворотных изомеров боковых цепей в α-спиралях. Биохимия 72, 223-227.
  55. Kargatov A.M., Efimov A.V. (2007) Side-chain rotamers in protein α-α-hairpins and a mechanism of their selection. Mol. Biol. (Moscow). 41, 797-805. // Каргатов А.М., Ефимов А.В. (2007) Поворотные изомеры боковых цепей в α-α-шпильках белков и механизм их отбора. Молекуляр. биол. 41, 876-884.
  56. Kondratova M.S., Efimov A.V. (2007) The effect of the structural context on specificity of polar interactions in proteins. In: «Recent Advances in Structural Bioinformatics» (A.G. de Brevern, ed.). Research Signpost, India, 57-68.
  57. Dobrov E.N., Nemykh M.A., Lukashina E.V., Baratova L.A., Drachev V.A., Efimov A.V. (2007) Modified model of potato virus X coat protein structure. Mol. Biol. (Moscow) [in Russian]. 41, 706-710. // Добров Е.Н., Немых М.А., Лукашина Е.В., Баратова Л.А., Драчёв В.А., Ефимов А.В. (2007) Модифицированная модель структуры белка оболочки X-вируса картофеля. Молекуляр. биол. 41, 706-710.
  58. Nemykh M.A., Efimov A.V., Novikov V.K., Orlov V.N., Arutyunyan A.M., Drachev V.A., Lukashina E.V., Baratova L.A., Dobrov E.N. (2008) One more probable structural transition in potato virus X virions and a revised model of the virus coat protein structure. Virology. 373, 61-71.
  59. Gordeev A.B., Kondratova M.S., Efimov A.V. (2008) Novel structural tree for β-proteins containing abcd-units. Mol. Biol. (Moscow). 42, 285-288. // Гордеев А.Б., Кондратова М.С., Ефимов А.В. (2008) Новое структурное древо β-белков, содержащих abcd-единицы. Молекуляр. биол. 42, 323-326.
  60. Efimov A.V. (2008) Structural trees for proteins containing φ-motifs. Biochemistry (Moscow). 73, 23-28. // Ефимов А.В. (2008) Структурные деревья белков, содержащих φ-мотивы. Биохимия. 73, 29-35.
  61. Efimov A.V. (2008) Modeling of protein structures with structural trees. Journal of Siberian Federal University. Biology [in Russian]. 3, 226-247. // Ефимов А.В. (2008) Моделирование белковых структур с помощью структурных деревьев. Журнал СФУ. Биология 3, 226-247.
  62. Gordeev A.B., Efimov A.V. (2009) Novel structural tree for (α + β)-proteins containing abCd-units. Mol. Biol. (Moscow). 43, 480-484. // Гордеев А.Б., Ефимов А.В. (2009) Новое структурное древо (α + β)-белков, содержащих abCd-единицы. Молекуляр. биол. 43, 521-526.
  63. Efimov A.V., Spirin A.S. (2009) Intramolecular triple helix as a model for regular polyribonucleotide (CAA)(n). Biochem. Biophys. Res. Commun. 388, 127-130.
  64. Makarov V.V., Rybakova E.N., Efimov A.V., Dobrov E.N., Serebryakova M.V., Solovyev A.G., Yaminsky I.V., Taliansky M.E., Morozov S.Y., Kalinina N.O. (2009) Domain organization of the N-terminal portion of hordeivirus movement protein TGBp1. J. Gen. Virol. 90, 3022-3032.
  65. Brazhnikov E.V., Efimov A.V. (2010) Structiure of β-β-hairpins closed into cycles by S-S-bridges. Mol. Biol. (Moscow). 44, 466-472. // Бражников Е.В., Ефимов А.В. (2010) Структура β-β-шпилек, замкнутых в циклы S-S-мостиками. Молекуляр. биол. 44, 529-534.
  66. Kargatov A.M., Efimov A.V. (2010) A novel structural motif and structural trees for proteins containing it. Biochemistry (Moscow). 75, 249-256. // Каргатов А.М., Ефимов А.В. (2010) Новый структурный мотив и структурные деревья содержащих его белков. Биохимия, 75, 305-312.
  67. Gordeev A.B., Kargatov A.M., Efimov A.V. (2010) PCBOST: Protein classification based on structural trees. Biochem. Biophys. Res. Commun. 397, 470-471.
  68. Boshkova E.A., Efimov A.V. (2010) Structures closed into cycles in proteins containing 3β-corners. Biochemistry (Moscow). 75, 1258-1263. // Бошкова Е.А., Ефимов А.В. (2010) Замкнутые в циклы структуры в белках, содержащих 3β-уголки. Биохимия. 75, 1417-1423.
  69. Efimov A.V. (2010) Structural motifs are closed into cycles in proteins. Biochem. Biophys. Res. Commun. 399, 412-415.
  70. Efimov A.V. (2011) Structures closed into cycles in globular proteins. Biochemistry (Moscow). 76, 1385-1390. // Ефимов А.В. (2011) Замкнутые в циклы структуры в глобулярных белках. Усп. биол. хим. 51, 25-36.
  71. Gordeev A.B., Efimov A.V. (2013) Modeling of folds and folding pathways for some protein families of (α + β)- and α/β-classes. J. Biomol. Struct. Dyn. 31, 4-16.
  72. Efimov A.V. (2013) Super-secondary structures and modeling of protein folds. Methods Mol. Biol. 932, 177-189.
  73. Efimov A.V. (2013) Strongly twisted and coiled β-hairpins and their role in protein folding. In: «Biomolecular Forms and Functions» (M. Bansal & N. Srinivasan, eds.). IISc Press & World Scientific, India, 312-319.
  74. Rudnev V.R., Pankratov A.N., Kulikova L.I., Dedus F.F., Tikhonov D.A., Efimov A.V. (2013) Recognition and stability analysis of α-α-corner type structural motifs in globular proteins. Matem. Biol. & Bioinf. [in Russian]. 8, 398-406. // Руднев В.Р., Панкратов А.Н., Куликова Л.И., Дедус Ф.Ф., Тихонов Д.А., Ефимов А.В. (2013) Распознавание и анализ устойчивости структурных мотивов типа α-α-уголок в глобулярных белках. Матем. биол. и биоинф. 8, 398-406.
  75. Boshkova E.A., Gordeev A.B, Efimov A.V. (2014) A novel structural tree for wrap-proteins, a subclass of (α+β)-proteins. J. Biomol. Struct. Dyn. 32, 222-225.
  76. Efimov A.V., Boshkova E.A. (2014) Two mechanisms of protein folding: theoretical analysis. Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 40, 612–619. // Ефимов А.В., Бошкова Е.А. (2014) Два механизма сворачивания белков: теоретический анализ. Биоорг. хим. 40, 665–672.
  77. Rudnev V.R., Pankratov A.N., Kulikova L.I., Dedus F.F., Tikhonov D.A., Efimov A.V. (2014) Conformational analysis of α-α-corner type structural motifs in computational experiment of molecular dynamics. Matem. Biol. & Bioinf. [in Russian]. 9, 575-584. // Руднев В.Р., Панкратов А.Н., Куликова Л.И., Дедус Ф.Ф., Тихонов Д.А., Ефимов А.В. (2014) Конформационный анализ структурных мотивов типа α-α-уголок в вычислительном эксперименте молекулярной динамики. Матем. биол. и биоинф. 9, 575-584.
  78. Brazhnikov E.V., Kargatov A.M., Efimov A.V. (2016) Structure of Looped Regions in β-α- and α-β-Arches in Abcd-Units of Globular Proteins. Matem. Biol. & Bioinf. [in Russian]. 11, № 2, 159-169. // Бражников Е.В., Каргатов А.М., Ефимов А.В. (2016) Структура петлевых участков в β-α- и α-β-дугах abCd-единиц в глобулярных белках. Матем. биол. и биоинф. 11, № 2, 159–169.
  79. Tikhonov D.A., Kulikova L.I., Efimov A.V. (2016) Statistical Analysis of the Internal Distances of Helical Pairs in Protein Molecules. Matem. Biol. & Bioinf. [in Russian]. 11, № 2, 170-190. // Тихонов Д.А., Куликова Л.И., Ефимов А.В. (2016) Статистический анализ внутренних расстояний спиральных пар в белковых молекулах. Матем. биол. и биоинф. 11, № 2, 170-190.
  80. Boshkova E.A., Brazhnikov E.V., Efimov A.V. (2016) Relationship between structure and amino acid sequence of strongly twisted and coiled β-hairpins in globular proteins. Mol. Biol. (Moscow). 50, № 5, 777-782. // Бошкова Е.А., Бражников Е.В., Ефимов А.В. (2016) Взаимосвязь между структурой и аминокислотной последовательностью сильно скрученных и изогнутых β-шпилек в глобулярных белках. Молекуляр. биол. 50, № 5, 880-886.
  81. Efimov A.V. (2017) Structural motifs in which β-strands are clipped together with the П-like module. Proteins. 85, № 10, 1925-1930. doi: 10.1002/prot.25346.
To return to the previous page  To the beginning of page
 
© PSMG IPR RAS 2006-2012
english

русский